2002年3月，江西省教育厅印发了《关于在我省部分高校试办软件学院的意见》，做出了在省内高校试办软件学院的决定。6月，学校与南昌先锋软件股份有限公司签订合作试办软件学院协议, 并向江西省教育厅递交《关于试办软件学院的请示》。6月21日江西省教育厅签发《关于同意南昌航空工业学院试办软件学院的批 》。同日，学校实用型软件人才培养二级学院——金航软件学院在上海路老校区挂牌成立。江西省委常委南昌市委书记吴新雄、江西省人民政府秘书长王飙和江西省教育厅领导专程来校参加成立揭牌仪式。

   金航学院的建设目标定位于“建设成为面向工业界的应用型和国际化的省内一流、国内先进的软件人才培养基地”；人才培养目标定位于“以市场为导向，面向产业需求，培养具有工程技术能力、外语应用能力、创新创业能力的工程型人才的人才培养目标”；办学层次定位于“以本科教育为主，大力发展研究生教育”；服务面向定位于“立足江西，面向全国，服务地方，服务国防”。成立之初，与学校计算机系合署办公,聘请国内知名学者、 中国电子政务首席专家的袁萌教授担任学院首任院长，任命舒坚同志担任常务副院长、总支副书记，党组织关系归口计算机系党总支。学院开设软件工程技术一个本科专业，下设软件设计与开发、嵌入式系统开发2个方向，招生培养计划为2年专升本计划和4年本科培养计划。2002年9月，金航学院开始首次招生，首届招生300人，其中全日制专升本学生199人，全日制高达本学生101人。

   2004年10月27日，学校对内部组织机构进行调整，决定软件学院单独设置，下设办公室、软件工程教研室、软件工程实验室，并将金航软件学院更名为南昌航空工业学院软件学院，舒坚同志担任院长，党组织机构设置为党支部。

   2005年7月底，学校前湖新校区三期各项工程的顺利完工，软件学院整体搬迁前湖新校区。12月14日，学校撤销计算机系，成立计算机科学与技术学院，软件学院并入计算机科学与技术学院合署办公，党组织关系归口计算机科学与技术学院党总支。同年，在充分调研全国软件学院办学模式和特点基础上，学院对软件工程专业2002版本科人才培养计划进行了全面修订，制定了学院《面向21世纪课程体系和教学内容改革规划》，积极推进软件工程专业课程体系、教学内容、教学方法和人才培养模式的改革。

   2006年1 月, 国务院学位委员会批准计算机软件与理论二级学科硕士学位授权点，学校实现了研究生层次软件人才培养的新突破。3月8日，学校进一步深化内部管理体制改革，实行校院两级运行机制，下发了《南昌航院二级学院组建方案》，按照规模原则、学科相近原则、加强管理学科与文科原则、重视理学原则、突出航空特色原则，对原有的教学资源和内部机构进行了进一步整合调整，调整后学校设有 12 个专业学院 、5个管理性学院 ，软件学院继续与计算机科学与技术学院合署办公。12月，学院通过国家本科教学质量评估；《软件工程》网络课件获“海尔电脑杯”第二届全国高校计算机课件比赛三等奖。

   2007年3月16日，教育部正式批准学校更名为南昌航空大学。4月28日，南昌航空大学揭牌庆典在前湖校区隆重举行，学院随之更名为南昌航空大学计算机科学与技术学院（软件学院）。3月，《数据结构》课程获批江西省高等学校省级精品课程。7月，网络技术基础实验中心获批江西省高校实验教学示范中心。10月19日，江西省计算机与信息技术产学研合作示范（培育）基地落户学院。

   2008年10月9日，学校与江西微软中心签署合作培养微软软件工程专业本科生协议，在软件设计与开发方向设立“2+2人才培养”微软特色班。

   2009年5月，严盈富同志主持的《中药沸腾造粒、片剂包衣在线监测技术的研究》荣获江西省政府颁发的江西省科技进步三等奖。6月23日，学校党委决定对部分工科学院进行全面调整重组，下发《南昌航空大学学院整合方案》，重新组建软件学院，单独设置，成立党委，开启真正意义上单独设置的软件人才培养办学之路。同年11月，《软件工程》课程获批江西省高等学校省级精品课；12月，基于CDIO的服务外包软件人才培养创新实验区获批江西省高校人才培养模式创新实验区。

   2010年学院组建物联网技术、计算机视觉2支学科科研团队，学校物联网技术研究所、计算机视觉研究所随之落户学院。3月4日，国务院学位委员会批准软件工程领域硕士培养。5月, 学校与东软集团股份有限公司在东软集团沈阳总部正式签订人才培养合作协议，在嵌入式系统开发方向上设立“2+2人才培养”东软特色班。5月28日，第四届全国软件工程领域工程硕士培养工作研讨会在学校举行。7月，软件工程专业获批国家级特色专业；12月，舒坚同志主持的《面向产业需求的创新型软件人才“2+X”培养模式与探索》获江西省教育厅颁发的江西省教学成果一等奖。11月，《数据库原理》课程获批江西省精品课程。

   2011年，国务院学位委员会批准学校成为软件工程一级学科硕士学位授权点单位。软件工程专业在原有的2个专业方向上，增设航空信息化、会计学、测控技术与仪器、飞行器控制技术4个专业方向，以及软件工程+会计学、软件工程+测控技术与仪器、软件工程+飞行器控制设计3个应用背景方向。11月，学院获批新增物联网工程专业。

   2012年，国务院学位委员会批准学校成为物联网技术二级学科硕士学位授权点单位。5月，储珺同志主持《基于数据融合的模拟月球车运行环境重建技术》荣获江西省政府颁发的江西省科技进步三等奖，共青团江西省委授予学院团委“五四红旗团委”称号。9月，南昌航空大学软件学院与东软集团联合申报的国家级工程实践教育中心揭牌；12月，《软件工程》课程获批江西省精品资源共享课。

   经过2002—2004年摸着石头过河的尝试和2005—2010年“十一五”规划胜利完成两个阶段，实现了本科、研究生层次软件人才培养从改革试点零起步到跨越式发展。

   2013年12月，围绕内涵式发展，遵循学校“育人为本，质量立校，人才强校，特色发展，开放办学”的办学理念，在中期评估工作基础上，对“十二五”发展规划进行了修订和完善。

   2014年5月15日，学院召开第二届教职工暨工会会员大会第三次会议，舒坚同志代表学院向大会作《全面深化改革 加强内涵建设 开创学院发展新局面》工作报告，标志着学院办学在跨越式发展基础上，转向内涵式发展。

   2015年9月，学院着手“十三五”发展规划编制工作。“十三五”发展规划在全面总结过去办学实践，特别是“十二五”发展规划执行情况的基础上，几经修订完善，终稿于2017年11月29日。

   “十三五”发展规划坚持“以人为本、知行合一”的办学理念，按照“坚持专业特色、坚持人才强院、坚持协同融合、坚持文化引领”内涵式发展思路，对办学定位和目标进行了全面的规划调整。

   “十三五”规划在本科生招生规模控制在1800人以内的前提下，将学院的发展目标定位于建设省内一流、国内知名的软件学院；办学类型定位于教学研究型学院； 办学层次定位于以本科教育为基础，积极发展研究生教育，推进留学生教育；人才培养目标定位于面向业界需求，培养具备健全人格、社会责任感和创新精神，基础扎实，具有较好认知能力、实践能力、交流能力和协作能力的从事软件应用与开发、物联网系统设计与开发、大数据应用与开发的应用型高级专门人才；服务方向定位于立足江西，面向全国，服务地方，服务国防。

   2016年，软件工程一级学科在教育部第四轮学科评估中评为C+，名列江西省第一，并获批成为江西省软件工程学科联盟牵头单位。

   2017年，东软特色班“2+2”模式调整为“3+1”模式，并新增“移动互联”、“商业智能”两个专业方向。2月，软件工程专业在江西省第一轮本科专业综合评价中排名第二。11月，学院新增数据科学与大数据技术专业。

   2018年，学院获批教育部高等学校计算机类教学指导委员会“计算机类系统能力培养试点院校”。根据学科建设和科研工作发展的需要，学院物联网技术团队更名为物联网与大数据团队，计算机视觉团队更名计算机视觉与图像识别团队。学校新成立了软件测评中心，学院新组建了航空软件测试科研团队。12月，软件工程专业申报中国工程教育认证获得受理。

   2019年3月，软件工程专业获批江西省高等学校一流本科专业。7月，软件工程专业向中国工程教育认证协会提交《工程教育认证自评报告》；9月，《工程教育认证自评报告》获认证专家组评审通过；10月，顺利完成中国工程教育认证协会组织的现场考查。12月，软件工程专业获批国家级一流本科建设点。软件工程技术学术学位和专业学位硕士点合格评估教育部公布结果为合格。

   2020年，软件工程一级学科参加教育部第五轮学科评估。5月，共青团江西省委授予学院团委“五四红旗团委”称号。6月，软件工程专业通过中国工程教育认证。7月，郑巍同志主持的《基于利他激励的大学生协作学习模式研究》荣获第七届江西省教育科学优秀成果奖，学院完成《软件工程本科-研究生培养方案》修订编制工作。11月，舒坚同志主持的《面向航空软件高端人才培养的特色化示范性软件学院建设探索与实践》获批教育部第二批新工科研究与实践项目，学院启动国家级特色化示范性软件学院申报工作。12月，《软件工程导论》课程获批国家级高等学校一流本科课程。

   2021年3月，《Web程序设计》、《面向对象程序设计》课程获批江西省高等学校线上线下混合式一流本科课程。5月，软件工程专业教学团队评为江西省高水平本科教学团队。12月，《数据结构》课程获批江西省高等学校一流本科课程。舒坚同志主持的《专业认证强基、智慧教学提质、协同育人促融——软件工程专业人才培养的探索与实践》荣获第十七批江西省教学成果一等奖，樊鑫同志主持的《“十元合一、五维转变“培养学生解决复杂工程问题能力—软件工程课程群改革与实践》荣获第十七批江西省教学成果二等奖。

   2022年，软件工程一级学科在教育部第五轮学科评估评为C+，名列江西省第一。1月，《计算机系统基础》获批江西省高等学校虚拟仿真实验教学一流本科课程。6月，软件工程专业、物联网专业在江西省第二轮普通高等学校专业综合评价中均名列第一，并双双遴选为江西省普通高等学校五星级专业。9月，软件工程专业获批江西省“十四五”期间优势专业。

   经过2014-2015年“十二五”规划中后期思想观念转变，发展目标的局部调整和2016-2020年“十三五”规划潜心教育教学质量改革两个阶段，学院办学完成了从以招生规模扩张为主导外延式发展向以提升人才培养质量为主导的内涵式发展的蜕变。

   2022年3月1日，学院召开了第四届教职工暨工会会员代表大会第一次会议。大会审议通过了党委书记杨志明同志题为《砥砺前行 奋进“十四五”》的工作报告，学院“十四五”发展规划，评选出“厚德博学 守正创新”的院训。

   学院“十四五”发展规划，明确了学院的办学必须坚持的五个原则，即坚持育人为本、坚持突出特色、坚持统筹规划、坚持改革创新、坚持开放合作；明确了学院的发展目标是“围绕学校2025年全面建成“工科优势突出、航空特色鲜明、服务贡献彰显”的较高水平教学研究型大学的发展目标，秉持‘以人为本、知行合一’的办学理念，坚持立德树人根本任务，以国家特色化示范性软件学院建设为核心目标，着力推进航空特色化建设，着力于补“十三五”规划短板、推进标志性成果的产出，把学院建设成省内一流、国内知名、航空特色鲜明的国家特色化示范性软件学院。”明确了全面推进学科建设航空特色、构建高质量特色化的软件人才培养模式、培育扶持科学研究的航空方向、贯彻落实学校人才强校的战略要求、大力推进协同创新和产教融合、打造学院高质量标志性文化精品、党建引领与铸魂育人工程等7项主要任务以及实现任务的主要举措。

   学院“十四五”发展规划，不仅规划了五年的发展目标，同时对学院未来的远景和愿景进行了规划。

   二○三五年远景目标：围绕学校2035年基本建成“ 省内一流、国内知名、行业领先、国际影响 ”的高水平教学研究型大学的远景目标，基本建成省内一流、国内知名、航空特色鲜明的特色化示范性软件学院。学院软件工程一级学科成为支撑学校国家一流学科建设的重要学科；学院人才航空特色化培养质量、高层次人才队伍建设、科技创新能力、社会服务水平和国际交流合作明显加强；基本形成航空软件测试工具开发高端人才培养的协同创新育人模式。

   二○五○年发展愿景：围绕学校2050年全面建成“省内一流、国内知名、 行业领先、国际影响”的高水平教学研究型大学的发展愿景，全面建成省内一流、国内知名、航空特色鲜明的特色化示范性软件学院。“软件工程+航空宇航科学与技术”，“软件工程+适航技术与管理”的交叉学科建设处于国内领先，并在国际上具有一定的知晓度；建成更高水平的航空软件测试工具开发高端人才培养的协同创新育人模式。

   雄关漫道真如铁，而今迈步从头越，在第二个百年新的征程中，软件学院全体师生将踏着坚定步伐，迈向高质量高水平特色化的发展之路。